Последним ученым, работавшим в Александрийской Библиотеке, была Гипатия. Математик, астроном, физик, глава неоплатонической школы в философии — круг ее работ невероятно широк для одного человека в любом столетии. Она родилась в Александрии в 370 году. В это время, когда у женщин почти не было права выбора и с ними часто обращались как с собственностью, Гипатия свободно и вызывающе вторгалась в традиционно мужские области.

По всем дошедшим до нас сообщениям она была очень красива. У нее была масса поклонников, но она отвергала все предложения о замужестве. Во времена Гипатии Александрия, подпавшая тогда под власть Рима, жила в смертельном напряжении. Рабство истощило жизненные соки классической цивилизации. Растущая христианская церковь крепила свое могущество и пыталась истребить языческую культуру, ее влияние. Гипатия находилась в самом эпицентре столкновения этих могучих социальных сил. Архиепископ Александрии Кирилл презирал ее за тесную дружбу с римским наместником и за то, что она являла собой символ знания и науки, которые церковь в ранний период в основном отождествляла с язычеством.

Постоянно преследуемая опасностью, она продолжала учить и распространять знания, пока в 415 году на пути в Библиотеку ее не растерзала фанатичная толпа прихожан Кирилла. Они стащили Гипатию с колесницы, сорвали одежду и, вооружившись морскими раковинами, содрали с нее кожу и мясо до самых костей. Останки Гипатии были сожжены, работы уничтожены, а имя забыто. Кирилла причислили к лику святых.