В русском обществе сохранялось сочувствие к сосланной царице Евдокии Лопухиной.

Епископ Ростовский Досифей пророчествовал, что Евдокия скоро опять будет царицей, и поминал её в церквах «великой государыней». Предрекали также, что Пётр примирится с женой и оставит недавно основанный Петербург и свои реформы. Всё это открылось из т. н. Кикинского розыска по делу царевича Алексея в 1718 году, во время суда над которым Пётр узнал про её жизнь и отношения с противниками реформ. Было открыто её участие в заговоре. В Суздаль для розыска был прислан капитан-поручик Скорняков-Писарев, который арестовал её вместе со сторонниками.

3 февраля 1718 года Пётр даёт ему повеление: «Указ бомбардирской роты капитан-поручику Писареву. Ехать тебе в Суздаль и там в кельях бывшей жены моей и ея фаворитов осмотреть письма, и, ежели найдутся подозрительныя, по тем письмам, у кого их вынул, взять за арест и привести с собою купно с письмами, оставя караул у ворот».

Скорняков-Писарев застал бывшую царицу в мирском платье, а в церкви монастыря обнаружил записку, где её поминали не инокиней, а «Благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и Великой княгиней Евдокией Фёдоровной», и желали ей и царевичу Алексею «благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во всём благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчётные лета, во благополучном пребывания многая лета здравствовать».

На допросе Глебов показал: «И сошёлся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно».
Старицы Мартемьяна и Каптелина показали, что своего любовника «инокиня Елена пускала к себе днём и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон». Проводивший обыск гвардии капитан Лев Измайлов нашёл у Глебова 9 писем царицы. В них она просила уйти с военной службы и добиться места воеводы в Суздале, рекомендовала, как добиться успеха в различных делах, но, главным образом, они были посвящены их любовной страсти. Сама Евдокия показала: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата». В письме к Петру она призналась во всём и просила прощения, чтобы ей «безгодною смертью не умереть».

14 февраля Писарев арестовал всех и повёз в Москву. 20 февраля 1718 года в Преображенском застенке состоялась очная ставка Глебова и Лопухиной, которые не запирались в своей связи. Глебову ставили в вину письма «цифирью», в которых он изливал «безчестныя укоризны, касающияся знамой высокой персоны Его царского величества, и к возмущению против Его величества народа». Австриец Плейер писал на родину: «Майор Степан Глебов, пытанный в Москве страшно кнутом — раскалённым железом, горящими угольями, трое суток привязанный к столбу на доске с деревянными гвоздями — ни в чём не сознался». Тогда Глебов был посажен на кол и, прежде чем умереть, мучился 14 часов. По некоторым указаниям, Евдокию заставили присутствовать при казни и не давали закрывать глаза и отворачиваться.

После жестокого розыска были казнены и другие сторонники Евдокии, прочие были биты кнутом и сосланы. В сочувствии к Евдокии были уличены монахи и монахини суздальских монастырей, Крутицкий митрополит Игнатий (Смола) и многие другие. Игумения Покровского монастыря Марфа, казначея Мариамна, монахиня Капитолина и несколько других монахинь были осуждены и казнены на Красной площади в Москве в марте 1718 года. Собор священнослужителей приговорил и саму царицу к избиению кнутом, и в их присутствии она была выпорота. 26 июня того же года погиб её единственный сын — приговорённый к смерти царевич Алексей. В декабре 1718 года был казнён её брат, Абрам Фёдорович Лопухин.

В итоге в 1718 году последняя русская царица была переведена из Суздаля сначала в Александровский Успенский монастырь, а затем в Ладожский Успенский монастырь, где 7 лет жила под строгим надзором до кончины бывшего мужа. В 1725-м её отправили в Шлиссельбург, где Екатерина I держала её в строго секретном заключении как государственную преступницу под именованием «известной особы». Евдокия представляла большую угрозу для новой императрицы, чьи права на престол были весьма сомнительны, чем ранее для своего мужа, настоящего Романова.