Адмирал Путятин был почётным членом нескольких учёных обществ, включая Петербургскую академию наук и Императорское православное Палестинское общество. Действительный член Русского географического общества с 19 сентября (1 октября) 1845 года
В честь адмирала Путятина названы остров Путятина в заливе Петра Великого и мыс в бухте Провидения (Анадырский залив Берингова моря).
Имя Путятина носили два корабля Дальневосточного морского флота: теплоход-лесовоз польской постройки грузовместимостью 4846 тонн (спущен на воду в 1966, продан совместному вьетнамскому предприятию в 1993)
и самоходный плашкоут (спущен на воду в 2004 году).